2004年（平成16年）
東原 和成 氏（東京大学大学院新領域創成科学研究科）
「嗅覚受容体の構造と機能に関する研究」
福田 光則 氏（理化学研究所福田独立主幹研究ユニット）
「シナプトタグミン及びその類似蛋白質による膜輸送制御の分子メカニズム」
伊東 健 氏（筑波大学先端学際領域研究センター／基礎医学系）
「Keap1/Nrf2 制御系による酸化ストレス防御機構の解明」
尾藤 晴彦 氏（東京大学大学院医学系研究科）
「神経形態可塑性を制御するシグナルに関する研究」
柳 茂 氏（神戸大学大学院医学系研究科）
「神経回路形成における反発因子セマホリンを介するシグナル伝達機構の解析」
2003年（平成15年）
田村 茂彦 氏（九州大学大学院理学研究院）
「先天性ペルオキシソーム欠損症における病因遺伝子と細胞機能障害」
寺田 和豊 氏（熊本大学大学院医学薬学研究部）
「サイトソル分子シャペロン系の機能解析」
吉田 秀郎 氏（京都大学大学院生命科学研究科／科学技術振興事業団さきがけ）
「高等動物の小胞体ストレス応答の分子機構」
凌 楓 氏（理化学研究所遺伝生化学研究室）
「ミトコンドリア遺伝の基本分子機構」
2002年（平成14年）
北川 裕之 氏（神戸薬科大学生化学研究室）
「癌抑制遺伝子EXTファミリーと硫酸化グリコサミノグリカンの生合成」
後藤 知己 氏（熊本大学医学部分子遺伝学講座）
「一酸化窒素（NO）の産生制御とNO誘導性アポトーシスに関する研究」
津本 浩平 氏（東北大学大学院工学研究科）
「抗原抗体相互作用における特異性・親和性創出機構の精密解析」
2001年（平成13年）
岩田 修永 氏（理化学研究所脳科学総合研究センター）
「β-アミロイドペプチドの脳内分解システムの解明」
三木 裕明 氏 （東京大学医科学研究所腫瘍分子医学分野）
「WASPファミリー蛋白による細胞骨格再構成の研究」
水島 昇 氏 （岡崎国立共同研究機構基礎生物学研究所）
「オートファジーの分子機構に関する研究：Apg12結合システムの役割」
本橋 ほづみ 氏 （筑波大学先端学際領域研究センター）
「小 Maf 群転写因子による転写制御ネットワーク形成と生体機能制御の分子機構の解明」
横溝 岳彦 氏 （東京大学大学院医学系研究科）
「ロイコトリエンB4の代謝と受容体に関する研究」
2000年（平成12年）
沢村 達也 氏 （国立循環器病センター）
「レクチン様酸化LDL受容体（LOX-1）の発現とその生理的意義の解明」
竹島 浩 氏 （久留米大学分子生命科学研究所）
「細胞内ストアのカルシウム放出に関する研究」
中西 真 氏 （名古屋市立大学医学部）
「細胞周期チェックポイント機構による染色体安定性維持に関する研究」
花田 賢太郎 氏 （国立感染症研究所細胞化学部）
「高等動物細胞におけるスフィンゴ脂質の生合成と細胞内輸送」
松田 文彦 氏 （Centre de National Genotypage, Fr）
「ヒト免疫グロブリンH 鎖可変部領域遺伝子群の構造解析」
1999年（平成11年）
依馬 正次 氏 （Samuel Lunenfeld Res. Inst.）
「bHLH-PAS型転写因子群の構造とその生理機能」
反町 洋之 氏 （東大・分生研）
「カルパイン及びそのホモログの構造・機能解析」
西山 賢一 氏 （東大・分生研）
「分泌蛋白質の膜透過分子機構に関する研究：膜透過を駆動するSecA-SecGの構造変化」
宮澤 恵二 氏 （東工大・生命理工）
「肝細胞増殖因子の活性発現の分子機構の研究」
保田 尚孝 氏 （雪印乳業・生物研）
「破骨細胞の分化・成熟を調節するメカニズムに関する研究」
1998年（平成10年）
五十嵐 和彦 氏 （筑波大・基礎医学・現東北大・医）
「グロビン遺伝子LCRに作用する転写因子群の機能の解析」
江成 政人 氏 （阪大・医）
「アポトーシスのシグナル伝達機構の解析」
澁谷 浩司 氏 （岡崎国立共同研究機構・基生研）
「TGF-βシグナル伝達系におけるTAB1-TAK1の役割」
姫野 俵太 氏 （弘前大・農）
「tmRNAによるtrans-translationに関する研究」
吉村 昭彦 氏 （久留米大・分子生命研）
「サイトカイン受容体の情報伝達と制御に関する研究」
1997年（平成9年）
緒方 一博 氏 （横浜市大・医）
「転写因子 Myb による DNA 認識と構造的揺らぎの役割」
門松 健治 氏 （名大・医）
「ヘパリン結合性成長因子，ミッドカインの発見と機能解析」
久下 理 氏 （国立感染研・細胞化学）
「動物細胞におけるホスファチジルセリンの生合成機構とその調節機構に関する遺伝性化学的研究」
森 和俊 氏 （HSP 研）
「小胞体から核への細胞内 Unfolded Protein-Response の解析」
横山 知永子 氏 （国立循環器病セ・研）
「シクロオキシゲナーゼ系酵素の分子生物学的研究：遺伝子と酵素蛋白の構造およびその発現」
1996年（平成8年）
今本 尚子 氏 （阪大・医）
「核タンパク質輸送の分子機構の解析」
高澤 伸 氏 （東北大・医）
「サイクリックADPリボースをセカンドメッセンジャーとするインスリン分泌」
田中 一馬 氏 （阪大・医）
「低分子量GTP結合タンパク質RasとRhoの活性制御機構と作用機構の解明」
鍔田 武志 氏 （京大・医）
「Bリンパ球アポトーシスの制御機構の研究」
深水 昭吉 氏 （筑波大・応用生物）
「アンジオテンシン情報伝達系の発生工学的研究」
1995年（平成7年）
岡田 雅人 氏 （阪大・蛋白研）
「Srcファミリーキナーゼの活性制御因子として機能するチロシンキナーゼCskの解析」
垣塚 彰 氏 （京大・医）
「ドミナントミューテイションとその表現型の解析：レチノイドの生理作用の解明とマシャドー・ジョゼフ病原因遺伝子の同定」
川畑 俊一郎 氏 （九大・理）
「カブトガニ血球細胞内大・小顆粒に含まれるディフェンスモレキュル群の発見と構造解明」
西道 隆臣 氏 （都臨医研・遺伝情報研）
「蛋白質分解反応を捕捉する新しい方法を用いた脳虚血およびアルツハイマー病におけるプロテアーゼの作用の解析」
阪口 雅郎 氏 （九大院・医学系）
「膜蛋白質の膜への組み込みと膜内トポロジー形成を支配する分子内シグナル配列の解明」
