この度は、名誉ある日本生化学会奨励賞を頂き身に余る光栄でうれしさをかみしめています。
大学入学当時、何となく研究者、あるいは、学問を志していた私は、細胞の形態形成を学ぼうと、当時東大医科研にあった竹縄忠臣研究室の門をたたきました。そこでは、現大阪大学の三木裕明先生らにより、シグナル伝達が細胞のアクチンをどうやって動かす仕組みがつまびらかにされるところでした。次いで、アクチンの制御タンパク質の研究から、脂質膜の形状をつかさどる「鋳型」となると考えられるBARドメインを持つタンパク質群の同定に至りました。考えてみれば、細胞の形状というのは、アクチンなどのタンパク質が重要な役割を果たすことは明らかなのですが、その本質は、脂質膜の形状です。しかし、タンパク質や遺伝子ばかりに目が向き、脂質膜の重要性は、なかなかすぐに頭に思い浮かぶ物ではありませんでした。幸いなことに、理化学研究所の嶋田睦先生、村山和隆先生、横山茂之先生らの協力で、BAR ドメインタンパク質の立体構造の解明に成功し、その結果、タンパク質の立体構造を脂質膜の「鋳型」として用いることで、細胞の形態形成が行われることを示すことができました。このタンパク質の立体構造による形態形成というあたらしい概念は、様々な分野を統合して初めて可能で有り、とても私一人の力ではできない研究でした。このような経験から、現在もなるべく新しい技術を取り入れ、分野横断的な研究をできるように心がけていますが、反面、いろいろな分野を包括した研究は難しく、ともすれば散漫になりがちです。論語には「三十にして立つ。四十にして惑わず。」とありますが、私も2014年には40才になります。惑わずに、明確な見通しと方法論を持って自分の研究を切り拓いていきたいと考えています。細胞の分化と形態変化は密接な関係にありますが、それはやはり原因ではなく結果なのでしょうか？細胞の形態形成は本当に細胞の分化や脱分化にとって必要不可欠な意味があるのでしょうか？あるいは、がん化において、細胞は必ず形態変化を伴う必要はあるのでしょうか？これをうまく解決可能な問題に、願わくば、BARドメインを持つタンパク質の制御、アクチン細胞骨格の制御系、あるいは、BARドメインタンパク質の分子集合などの問題に落とし込み、解明していきたいと考えています。これからも皆様のお力添えをどうぞよろしくお願い致します。

末次 志郎　氏　略歴
1999年4月～2002年3月 　日本学術振興会特別研究員（DC1）　（竹縄忠臣 教授）
2002年4月～2006年12月　東京大学医科学研究所　腫瘍分子医学分野　助手（竹縄忠臣 教授）
2006年10月～2010年3月　科学技術振興機構さきがけ研究者
                                         （生命システムの動作原理と基盤技術、中西重忠研究総括）（兼任）
2007年1月～2009年6月　 東京大学分子細胞生物学研究所　若手フロンティア研究プログラム　講師　
2009年7月～2014年1月　 東京大学分子細胞生物学研究所　細胞形態研究分野　　准教授
2014年2月〜　　　　   　 奈良先端科学技術大学院大学　バイオサイエンス研究科　分子医学細胞生物学　教授

私が胃プロトンポンプの研究をする契機となったのは、北海道大学在学時、恩師である谷口和弥先生と出会いでした。谷口先生はナトリウムポンプが専門で、イオン能動輸送の重要性とダイナミックな構造変化の熱心なお話しを伺ううちに、当時化学を学んでいた私は、進化淘汰圧が生み出した生体分子の複雑さと驚異的にパワフルで効率的なマシーナリーの作動機構を理解したいと思うようになりました。谷口研で研究を始めるときには、何事も極端なことを好む性分によって、研究分野の主流であったナトリウムポンプではなく、胃の内部をpH1（細胞内部はpH7なので、内外でのH⁺濃度差は100万倍）にまで酸性化できる胃プロトンポンプ H⁺,K⁺-ATPaseを研究対象と定めました。当時は機能解析が中心で、RIに籠って実験をしては、谷口先生始めスタッフの先生、研究室の先輩（今回奨励賞を受賞された金川さん）と結果の解釈をディスカッションする日々が続きました。谷口先生は一介の大学院生である私を、一人の科学者として扱ってくださいました。これは良い面だけではなく、実験が不十分な場合には納得がいくまでとことん議論することも多くありました。『Your enzyme would like to talk to you, why you close your ears?』というのが先生の教えで（留学先でPost博士が仰ったそうです）、実験データは非常に細かく分析してどんな些細なことも見落とさないように叩きこまれました。P型ATPaseの分野では当時、豊島先生によって筋小胞体カルシウムポンプの立体構造が次々と決定され、これまでマンガで描かれていたポンプが実体として理解されるようになってきました。北大での学位取得後、酵素の声を聞くだけでは飽き足らず姿を見てみたくなった私は、膜タンパク質の構造解析で第一線の研究者である当時京大の藤吉教授に、H⁺,K⁺-ATPaseの構造解析に取り掛かりたい旨をご相談しました。藤吉さんは、構造解析など全く知らない、どこの馬の骨とも分からぬ私を快く受け入れてくださり、十分すぎるほどサポートして下さいました。一緒に結晶化に取り組んでくれた西澤君、構造解析を一から教えてくれた谷さん、電子顕微鏡の使い方を叩き込んでくれた小林さん始め、研究室のメンバーとの協力関係が、H⁺,K⁺-ATPaseの電子線結晶構造解析には不可欠でした。また構造解析と組み合わせることで、酵素の声を聴く機能解析実験はその威力を発揮してくれました。

この度、日本生化学会奨励賞という分不相応な大変名誉ある賞を頂けたのは、上述した多くの恩師、先輩、同僚のお陰です。振り返ってみると自分は一体何をしたのか？と思うばかりですので、振り返るのはやめます。今後もH⁺,K⁺-ATPaseの声に耳を傾け、その姿を露わにし、その作動機構を詳らかに理解する為に、あらゆる手段を用いてこれに取り組んでいきたい所存です。

阿部 一啓 氏   略歴
2003年   日本学術振興会特別研究員 (DC2)
2004年   北海道大学大学院理学研究科　博士後期課程　修了　博士（理学）
2004年   京都大学大学院理学研究科　生物物理学教室　藤吉研究室
                 日本学術振興会特別研究員 (PD)
2008年   バイオ産業情報化コンソーシアム研究員
2010年   京都大学特定研究員 (産官学連携)
2011年   名古屋大学　細胞生理学研究センター　助教
              （兼務同学創薬科学研究科）

日本医学会特別シンポジウム

～第29回日本医学会総会2015関西プレイベント～

http://jams.med.or.jp/symposium/index.html

大阪大学総合学術博物館第7回特別展

漢方今昔物語 生薬国産化のキーテクノロジー

http://www.museum.osaka-u.ac.jp/

（独）理化学研究所和光地区一般公開

平成26年4月19日（土）9：30　から　16：30（入場は16：00まで）

開催場所：埼玉県和光市広沢2-1　（独）理化学研究所和光地区

電話：048-467-9443

ホームページ：http://www.riken.jp

日本生化学会会員のみなさん、

前号に引き続き、学術雑誌（ジャーナル）の形態の移り変わりについて考えます。ここでは、新しい編集方針を持つ三種類のジャーナルを取り上げます。

最初は、“publish first, judge later”をうたうPLoS ONEについてです。これは前号で紹介したPLOS journalsのひとつで、2007年に創刊された電子版のみのopen accessジャーナルです。このジャーナルの特徴は投稿された論文原稿の採択基準（Publication Criteria）にあり、審査員は「研究成果の重要性」は考慮せずに「方法論の正当性」のみを判定します。つまり、標準的な手法で実験操作と結果の解析が行われ、妥当な解釈に基づいた結論が記述されてさえいれば、論文原稿が採択されます。そして、論文内容の評価は掲載後に読者によってくだされるのです。ウェブ上で論文ファイルを開くと上部に「Comments」のバナーがあり、そこからコメント欄に入って意見を書き込むことができます。創刊時の編集者は“このジャーナルでは論文掲載は研究の終点ではなくディスカッションの開始点である”と述べています。掲載後の論文の内容や意義がウェブ上で盛んに議論されるのであれば、このような編集方針のジャーナルは存在価値を持つのかもしれません。

二つ目は、ネガティブデータを記述した論文を掲載するジャーナルの登場です。ここでのネガティブデータとは、“適正に実施された実験において作業仮説が否定されることが判明した”場合などの結果を指します。ネガティブデータの公表は他の研究者による不必要な実験を省くとともに定説の覆しに寄与することにあるという考え方のもとに、複数のジャーナルが創刊されています。それらにはJournal of Negative Results in Biomedicine、The All-Results Journals: Biol、Journal of Pharmaceutical Negative Resultsなど生化学関連分野のものが含まれ、編集方針に基づけば前出のPLoS ONEもこの仲間に入ります。

最後は、投稿前の論文原稿を載せるジャーナルです（serverと称されているのでジャーナルに含めるのは適切でないかもしれません）。物理学の分野に、1991年に開設されたarXiv（アーカイブ）というopen accessのサーバーがあります。これは「preprint server」とよばれ、研究者は作成した論文原稿をまずこのサーバーに登録（掲示）します。すると、その内容についてウェブ上で読者による議論が行われ、著者は出された意見などに基づいて原稿を改訂してゆきます。ある物理学者のウェブサイトには、“まずarXivに登録してその後にジャーナルに投稿することが一般的”と書かれています。多くの出版社はarXivでの論文原稿の掲示を「出版」とはみなさいため、著者は議論を踏まえて最終化された原稿をジャーナルへ投稿することができるのです。arXivには毎月5000にのぼる原稿が新しく登録されているそうです。物理学の分野では、解決されるべき課題が限定されており、かつ純粋に研究内容だけが評価の対象とされるため、このような研究成果公表のやり方が可能なのかもしれません。そして、生命科学分野でも同じような仕組みとして、Cold Spring Harbor Laboratoryが運営するbioRxiv（バイオアーカイブ）が2013年11月に登場しました。このサーバーに登録された論文原稿はまだ多くないようですが、将来はこれがarXivのような役割を担い、生命科学の分野でも論文原稿の「bioRxivへの登録→ウェブ上での議論→改訂→一般ジャーナルへの投稿」が通常のプロセスになるかもしれません。

このようなジャーナル形態の移り変わりを俯瞰すると、研究成果公表のあり方が“実験データをウェブサーバーにデポジット（登録）する”方向に進んでいるように感じられます。今のところは、新しい形態（編集方針）のジャーナルもデータに基づく結論を著者が主張する形式をとっています。しかし将来は、“個々の研究者はデータを登録するだけ”で、別の人たちがそのデータを多面的かつ広い視野から解釈して結論が導かれるようになるかもしれません。そこにはもはや、インパクトファクターはおろか論文の著者すらも存在しないでしょう。個々の研究者の評価はどうなるのかという問題はありますが、科学と技術の発展は人類の繁栄のためにあるのだとすれば、これこそが理想的なジャーナルの姿なのかもしれません。

次号では、ジャーナルでの論文掲載にまつわる問題に触れます。

2014年3月

中西義信

（追記）

本学会のウェブサイトにさまざまな変化が生じつつあります。この「会長便り」の掲載に続き、「JB編集委員長より」が載り、今月初めには生化学誌の電子版が掲載されました。また、トップページの左側にある「企業広告」のバナーにお気づきでしょうか（学会財政健全化対策のひとつです）？そして近々、「学会掲示板（仮称）」が設けられます。これは、会員間で意見のやりとりを行うもので、学会執行部への会員からの要望なども書き込むことができます。自由な意見交換も行われますが、“本学会のDORAへの署名（会長便り第1号を参照）”や“大会運営のありかた”など、話題を限って討論することにも利用したいと思っています。どうかご期待ください。 

JB編集委員長より を掲載しましたのでぜひご覧ください。https://www.jbsoc.or.jp/chiefeditor/jb01.html

 日本生化学会会員のみなさん、

今回と次回とで、私たちが研究成果を公表する主要な場である学術雑誌（ジャーナル）のありようについて考えたいと思います。 

生命科学の分野では、ほぼすべてのジャーナルが電子化されて久しく、冊子体の発行をやめて電子版のみになったものも多く見られます。生化学系ジャーナルの老舗Journal of Biological Chemistryの冊子体もなくなりました。“電子ジャーナル”は迅速かつ効率的な検索を可能とし、自分が望む内容の論文を瞬く間に探し出すことができるのはもちろん、自分の研究分野に近い論文の出版を電子メールで知らせてくれるサービスもあります（Science 343:14）。論文をチェックする方法はこの20年ほどの間に、「雑誌をぱらぱらめくる」から「PCで最新号の目次を見る」→「最新号をキーワード検索する」となり、さらに「“論文見つかりアラート”がスマートフォンの端末に届く」のように変化しました。もはや“少し離れた領域の論文を読んでアイデアがひらめく”ことは望むべくもありません。論文の発表と閲覧の電子化は、さまざまな手間や時間・費用を軽減する効果を与えたものの、マイナス面も生み出していることを頭におく必要があるかもしれません。 

ジャーナル購読の形態にも大きな変化が起こりました。個別に発行されていたジャーナルを大手の出版社が傘下に収める動きが広まり、多種類・多数のジャーナルを持つ“メガ出版社”が誕生しました。ElsevierやSpringerがその代表であり、私たちのJournal of Biochemistryも現在はOxford University Pressが刊行するジャーナルのひとつになっています。メガ出版社は“パッケージ商品”を販売します。これは、複数のジャーナルをグループ化して一括販売する仕組みで、そこに含まれるジャーナルの個別購読料の総額よりも低いパッケージ価格が設定されています。パッケージにはあまり利用されないジャーナルも含まれる場合が多いのですが、購読契約したジャーナルの数を競う大学の図書館はこぞってこのパッケージを買い、その結果としてジャーナル購読に充てる費用が大きく膨らみました（私の勤務先では年に数億円がこれに投じられています）。年々増大する購読料に困った大学は図書館が連携する組織などを通じて対策を講じようとしており、広まりつつある大学での研究成果リポジトリー（大学職員が発表した論文の最終原稿などを公開する制度）はその例と言えるでしょう。米国NIHは納税者のために、自身が提供した研究費により得られた成果を記述する論文を無料公開して欲しいと要望していますが、大手の出版社がこれに応じる気配はないようです。

一方で、open-accessジャーナルとよばれる、購読料を支払わなくても論文を読むことができる電子ジャーナルも存在します。2002年に登場したBioMed Central（BMC）は、幅広い学問領域をカバーするopen-accessジャーナル群を刊行しています。翌2003年にはPublic Library of ScienceがPLoS Biologyを創刊し、その後に他の学問領域のジャーナルが加わりPLOS Journalsとなりました。2012年には、Randy Schekman氏を編集長としてeLifeが鳴りもの入りで創刊されました。eLifeの前にはProceedings of the National Academy of Sciences of U. S. A.の編集長であったSchekman氏は、2013年にNovel Prize Physiology or Medicineを受賞し、昨年12月にはNature、Science、Cellの3つのジャーナルを取りあげて“私は商業主義にはしるこの3誌にはもう論文原稿を投稿しない”と発言して話題になりました。それでは、なぜopen-accessジャーナルの論文は購読手続きなしに読めるのでしょうか。それは、読者ではなく著者が閲覧に要する代金を負っているからです。著者がジャーナルに支払う費用はかなり高額で、BMCとPLOSでは2,000 USドル前後を要します。さらに、Elsevier傘下のCell Pressが最近に創刊したopen-accessジャーナルCell Reportsの掲載料は5,000 USドルに設定されています。eLifeは米国のHoward Hughes Medical Institute、ドイツのMax Planck Society及び英国のWellcome Trustのスポンサーシップを受けており、掲載料は取らないとされています。全体がopen accessでなくても掲載された論文のいくつかが無料公開になっているジャーナルも増えています。著者は採択された論文をopen accessにするかどうかをジャーナル側からたずねられ、これを選択した場合の費用もおおむね高額です。たとえば、Journal of Biochemistryでの無料公開の費用（Open Access charge）は3,000 USドルです。Open accessが広まれば大学などの研究機関の経済的な負担は軽くなりますが、出版社が懐を痛めるわけではなく、論文を投稿する研究者への負荷が大きくなる仕組みができあがっているのです。

研究費申請の際には論文投稿に要する費用を計上することができます。今のやり方でのopen accessが普及すると、その項目に書き込む数字が大きくなり、研究費のうちの実験に充てられる金額が縮小してしまいます。私は、会員間で意見を交換し、この状態の改善をめざした学会としての働きかけの方向を探りたいと思っています。

次号では、各ジャーナルが掲載する論文の多様化に触れます。

2014年2月

中西義信

平成25年度独立行政法人海洋研究開発機構研究報告会「JAMSTEC2014」開催のご案内

http://www.jamstec.go.jp/j/about/press_release/20140205/

日時：平成26年3月5日（水）13時00分　～　17時30分

場所：東京国際フォーラム　ホールB７（Bブロック7F）

第88回日本生化学会大会、第38回日本分子生物学会　合同開催

名古屋議定書の国内措置 （海外からの研究用生物試料取扱いの国内ルール）への対応についての重要なお知らせ(PDF231KB)

第1号 ： DORAによる論文評価標準の提言

第2号 ： h indexによる論文業績の評価

第3号 ： Open-accessジャーナル

第4号 ： Negative data論文

第5号 ： Sham journal

第6号 ： Reproducibility Initiative

第7号 ： Peer Review

第8号 ： Rubriq Scorecard

第9号 ： Reviewer Experiment

第10号： Author’s Responsibility

第11号： Thinking in Japanese

第12号： URA

第13号： Lip-sync conference

第14号： To make women visible

私が学位を取得してから早12年が過ぎようとしています。大学院生当時、私は北海道大学・新田勝利教授のもとで、球状タンパク質のフォールディングに関する熱力学的な解析（生物物理学）を行っておりました。卒業が現実味を帯びてきたミレニアム（2000年）辺りに、今後の進路について真剣に考え始めるようになりました。今思えば非常に安直な思い付きだったのですが、卒業後はとりあえずアメリカへ渡り、そこで何年か研究生活を行いたいと考えておりました（その先まではあまり深く考えずに）。アメリカを留学先として選んだ理由としては、非常にライフサイエンス分野の研究レベルが高いことや、これまでの研究と少し方向性を変える際に異国の方が気兼ねがない点、また当時、野茂投手（ドジャース）が大リーグで華々しい活躍を魅せていたことも大いに私の気持ちを昂らせてくれました。

　そのような時に、Peter Kim教授（現・Merck）らにより発表された、ある論文（Chan et al., Cell, 1997）が私の目に留まったのです。その論文の詳しい内容については割愛するとして、簡単に説明すると「ウイルスが細胞に感染する過程を分子レベルで綺麗に説明したもの」でした。この時に、これまで生体物質として捉えていたタンパク質が生命現象と本当に繋がっていることを肌で感じた瞬間でした。（教科書的には、酵素が生化学的な現象を調節していることは理解していたつもりでしたが。）結局、この論文のファーストオーサーであったDavid Chanの研究室（カリフォルニア工科大学）に留学することになり、前半はHIV-1に関する研究、後半は研究テーマが変わり、現在まで続くことになる「ミトコンドリア」に関する研究を上記の点を意識して行ってきました。

　私たちがいま取り組んでいるミトコンドリア・ダイナミクス（現象）は、ようやくその認知度が徐々に増してきてはいますが、未だその生理的な意義をはじめ、分子レベルでの作用機序など、不明な点が多く存在しており、今後の研究課題としては事欠かない状況です。これからどのような切り口で研究を展開していくのか？　この問いには、もちろんミトコンドリア・ダイナミクスに関与する様々な生理機能を突き詰めたいと答えますが、やはり最終的には分子レベルでその生命現象を解き明かせれば研究冥利に尽きるのですが。

蛋白質を精製してその特性を決める、明快な研究手法と蛋白精製の困難さに魅せられ、大阪大学の谷口直之先生の生化学教室の門を叩きました。なんとか学位をいただけるだけの仕事をして、さてポスドク先を選ぶにあたって、何の研究をしようと悩んでいました。生化学のみならず遺伝学を使えば面白い研究ができるのではないかと考え、当時理研CDBにおられた西脇清二先生の研究室で、線虫C. elegansの研究を始めました。理研CDBは、世界屈指の研究施設で、週ごとにあるセミナーでは、様々な生命現象を美しいイメージングで捉えたセミナーを聞くことが出来ました。そこで漠然とイメージングを取り入れて研究したいと考えるようになりました。

　ポスドクとして最初の論文を出した頃、Duke大学のDavid Sherwoodは独立したばかりの新進気鋭の若手研究者でした。彼の報告した細胞浸潤の実験モデルに魅せられた私はノースカロライナ州まで押しかけ、留学させてくれと頼み込みました。次年度に彼の研究室に無事に入ることができましたが、残念なことに研究をする予定だった細胞浸潤に破綻を示す変異体は、他のポスドクが既に手をつけていました。少しがっかりはしたものの、可視化基底膜と浸潤細胞は綺麗で毎日夢中で顕微鏡を観ていました。するとあるときに面白い事に気づきました。

　浸潤細胞は基底膜に穴を開けるのですが、その穴の大きさが発生段階で全く違うのです。初めは個体差だと思っていたのですが、どの個体をみても、穴の大きさは規則正しく拡大します。そこで穴の大きさを制御している分子機構が必ずあると確信して、その大きさがどうやって制御されているか？その解析に取り組むことにしました。この研究過程で常々感じていたのが、観ることの大事さです。浸潤は細胞と細胞外マトリックスが関わる複雑な現象ですが、それを定量的に取り扱うために、きちんと観ることが必要です。穴のサイズを研究してみたいと思っても、正確に観ることが出来なければ、研究をすることはできません。そして一番大事なのは何を観るか、です。可視化しても、“いい目”を持っていないと面白い現象を見逃してしまいます。

　周りからの適切なサポートそして光学機器の進歩も、研究を助けてくれました。ある蛍光蛋白質でマークした基底膜を作ったのですが、定量的に測定する事はできませんでした。そこで最新のEM-CCDカメラを購入して測定したところ、必要にして十分なシグナルを得ることができました。この基底膜の可視化は、現在行なっている基底膜の形成及び維持の研究へと展開しています。

　研究はいつも予想通りに進みませんが、新たな視点、新たな技術を取り入れることで突如としてブレークスルーを起こすことがあります。３０代も終盤にさしかかりましたが、未踏の面白い現象を見出すことのできる“いい目”は、どうやったら身につくのか、まだわかりません。また研究の方向性を決めるにあたり、なにが一番の近道なのか、迷うばかりです。迷ってはいるけれども、研究を楽しみ、まだ字もよめないのに毎日楽しそうに絵本をみている１歳の息子にまけないように、毎日楽しく顕微鏡を覗いていこうと思っています。最後になりますが、これまでにお世話になりました諸先生、先輩、後輩の皆様に、この場をお借りして心より感謝いたします。